Tên thật của Sei Shōnagon cho đến nay vẫn là ẩn số. Theo phong tục trong giới quý tộc thời đó, người ta hay gọi một nữ quan bằng một biệt danh lấy từ người chồng hoặc người cha đảm nhiệm một chức quan trong triều đình.[1] Tên gọi Sei (清, Sei?) có nguồn gốc từ tên họ "Kiyohara" của người cha (cách đọc tiếng Nhật bản địa của chữ kanji đầu tiên là kiyo, trong khi cách đọc Hán Nhật là sei), trong khi Shōnagon (少納言, Shōnagon? "nữ quan triều đình cấp thấp") đề cập đến chức quan trong chính quyền.[1] Người ta không rõ về mối quan hệ của bà với chức vụ này, mặc dù cả người cha cũng như hai người chồng của bà đều giữ chức vụ tương tự.[1] Bun'ei Tsunoda gợi ý rằng chức vụ này có thể thuộc về một người chồng thứ ba, có lẽ là Fujiwara no Nobuyoshi.[2]

Tên thật của cô là một chủ đề tranh luận giữa các học giả, trong đó tên gọi Kiyohara no Nagiko (清原 諾子, Kiyohara no Nagiko?) là một phương án khả thi.[cần dẫn nguồn]